Der Sage nach soll Kaiser Heinrich ll. "der Heilige" (973 - 1024) Gründer der Heinrichskirche sein.
Zum Eingang der Heinrichskirche führen heute einige Stufen hinab, da das Donauufer später angehoben wurde. Gleich neben der Kirche befand sich ein Friedhof, auf dem die Ertrunkenen, Angeschwemmten und Armen beerdigt wurden. Es passierte oft, dass Seeleute in der Donau ertranken. Lange Zeit war es die Regel, dass Flößer und Schiffer Nichtschwimmer sein mussten, um so bei Gefahr ihre Waren nicht im Stich zu lassen.
An der Stelle des ehemaligen Friedhofes befindet sich heute eine Grünfläche. Hier stand von 1905 bis 1936 der Pranger, der heute am Marktplatz zu sehen ist.
1964 fand ein Fischer in der Ennsmündung eine angeschwemmte Marienstatue, welche nach ihrer Restauration in der Heinrichskirche aufgestellt wurde. Allmählich entwickelte sich hier eine Wallfahrtsstätte. Die Kirche wurde zur "Wallfahrtskirche Maria Trost". Am 5. Oktober 1732 wohnte Kaiser Karl Vl., Vater von Maria Theresia, einer Messe in der Heinrichskirche bei.
1786 wurde die Kirche unter Kaiser Joseph ll. gesperrt, da eine Messe auch in der Pfarrkirche gehalten werden kann. Der Protest der Mauthausener war allerdings so groß, dass die Kirche 1787 wieder geöffnet werden musste!
Große Bedeutung hatte die Heinrichskirche auch für die Salzhändler. Im 18 Jh. befand sich die Salzschifflände neben der Heinrichskirche. Anfang März, wenn die Donau bereits eisfrei war, wurden Messen zur sicheren Beförderung des Salzes gestiftet. Der Ruf der Kirche ging bis über die Grenzen hinaus. Immer wieder gab es Wallfahrten und Stiftsprozessionen von Passau nach Mauthausen. Die Heinrichskirche zählte durch die Einnahmen aus den Wallfahrten zu den reichsten Kirchen im Machland.
Am Ende des 19. Jh. war die Heinrichskirche so baufällig, dass man das Langhaus abtrug und den gotischen Chorraum sanierte. Von der ursprünglichen Bausubstanz ist heute nur mehr der Ostchor vorhanden.
Die verehrte Marienstatue wurde 1892 in die Pfarrkirche Hl. Nikolaus übertragen, wo sie auch heute noch zu sehen ist.